A pálinkafőzés harmadik szakasza maga a cefre lefőzése (desztillálás, lepárlás). E főzés – desztilláció – lényege, hogy a gyümölcsből úgy nyerjen ki alkoholt, hogy a párlat közben megőrizze a benne lévő aromákat.

A pálinkafőzés kémiája egy bonyolult elválasztási és töményítési, koncentrálási folyamat, mely a cefre alkotóinak forráspont-különbségén alapul. A víz forráspontja 100 fok Celsius, míg az (etil-)alkohollal már 78.3 fokon gőzzé alakul. Az alkoholgőz így jut a hűtőbe, ahol lecsapódnak, és folyadékként jelenik meg a párlat.

Az elsőként távozó párlat alkoholtartalma akár 90 V/V %-os is lehet. Ám ahogy a főzés során melegszik a cefre, úgy lesz egyre magasabb víztartalma is. A gőz alkoholtartalma ezzel párhuzamosan csökken. Nem érdemes azonban a végletekig főzni a pálinkát, mert a közel 50 térfogat %-os párlatba már utópárlat is került. S ettől a pálinka savanyú lesz.